Peraturan pemeriksaan pajak biasanya berpijak pada Peraturan Menteri Keuangan Nomor 17/PMK.03/2013 yang diterbitkan pada  tahun 2013. Peraturan ini yang mengatur tentang tata cara pemeriksaan pajak formal atau bisa juga  disebut dengan prosedur standar. Dalam peraturan ini kita bisa melihat berbagai hal termasuk, tujuan, syarat, kriteria dan jenis pemeriksaan pajak.

Apa saja yang Menjadi Tujuan Pemeriksaan Pajak

Ada berbagai hal yang menjadi tujuan pemeriksaan pajak. Namun, dalam peraturan  ini hanya dua hal yang menjadi tujuan, yaitu pemeriksaan pajak yang akan berujung pada penetapan pajak terutang dengan hasil beerupa SKPKB, SKPLB, SKPN, atau bahkan STP. Dan yang kedua tentu saja bertujuan hanya untuk rekomendasi atatu opini dari pemeriksa pajak.

Sebenarnya, Wajib Pajak sudah dapat  mengetahui tujuan pemeriksaan pajak dari surat pemberitahuan yang wajib disampaikan oleh pemeriksa. Wajib untuk diketahui juga, bahwa setiap pemeriksaan tentu harus memperlihatkan SP2 kepada Wajib Pajak.

Wajib Pajak dapat mengetahui tujuan pemeriksaan dari surat pemberitahuan yang wajib disampaikan oleh pemeriksa. Di surat pemberitahuan tertulis tujuan pemeriksaan. Atau bisa juga dari SP2 (surat perintah pemeriksaan). Setiap pemeriksaan harus memperlihatkan SP2 kepada Wajib Pajak. Disitu tercantum kode pemeriksaan dan kriteria pemeriksaan.

Ruang Lingkup Pemeriksaan Pajak

Ruang Lingkup pemeriksaan atau (auditscope) juga terkait dengan kewajiban SPT yang disampaikan oleh wajib pajak. Sedangkan kewajiban SPT yang disampaikan wajib pajak terdapat ruang lingkup pemeriksaan

Pertama, satu atau beberapa bulan (masa), yaitu ruang lingkup untuk menguji kewajiban pemungutan dan pemotongan. Termasuk kewajiban pemotongan dan pemungutan adalan PPN, PPnBM, PPh Pasal 21, PPh Pasal 22, PPh Pasal 23, PPh Pasal 26, dan PPh Pasal 4 (2).

Kedua, bagian tahun pajak atau tahun pajak, yaitu ruang lingkup untuk menguji kewajiban PPh Badan atau PPh OP. Bagian tahun pajak artinya tidak 12 bulan penuh. Bisa 1 sampai dengan 11 bulan. Saat terutang PPh Badan dan PPh OP adalah pada akhir tahun. Dan periode pajak yang dihitung tahunan.

Sehingga ruang lingkup pemeriksaan juga satu tahun atau bagian tahun. Contoh bagian tahun pajak adalah bulan April sebuah perusahaan dibubarkan dan dilikuidasi bulan Agustus. Maka pemeriksaan tahun tersebut disebut bagian tahun pajak karena periode yang dihitung adalah Januari sampai dengan Agustus.

Kriteria atau Alasan Pemeriksaan Pajak

Kriteria pemeriksaan pajak bisa dibagi menjadi dua ha. Yaitu kriteria rutin dan kriteria khusus. Jenis-jenis kriteria rutin lebih lanjut diatur dalam surat edaran. Tetapi kriteria pemeriksaan khusus sudah pasti pemeriksaan yang berdasarkan analisis risiko, baik analisis tersebut secara komputerisasi (massal) maupun analisis manual (individual).

Kriteria pemeriksaan khusus lebih sering disingkat pemsus.Tetapi jika mengacu ke Peraturan Menteri Keuangan Nomor 17/PMK.03/2013, maka kriteria pemeriksaan rutin diatur di Pasal 4 yang terdiri:

[a.] Pemeriksaan SPT LB dengan permohonan (mengacu ke Pasal 17B UU KUP);

[b.] Pemeriksaan SPT LB tetapi tidak ada permohonan (mengacu ke Pasal 17 (1) UU KUP)

[c.] Pemeriksaan atas Wajib Pajak yang telah diberikan pendahuluan kelebih pembayaran pajak

[d.] Pemeriksaan SPT yang menyatakan rugi (dulu disebut RTLB)

[e.]  Pemeriksaan karena Wajib Pajak melakukan penggabungan, peleburan, pemekaran, likuidasi, pembubaran, atau akan meninggalkan Indonesia untuk selama-lamanya

[f.]  Pemeriksaan karena Wajib Pajak melakukan perubahan tahun buku atau metode pembukuan atau karena dilakukannya penilaian kembali aktiva tetap

Jenis Pemeriksaan Pajak 

Setidaknya dalam peraturan ini juga diatur beberap jenis pemeriksaan pajak. Yaitu pemeriksaan lapangan dan pemeriksaan kantor. Pemeriksaan Lapangan adalah Pemeriksaan yang dilakukan di tempat tinggal atau tempat kedudukan Wajib Pajak. Bisa juga tempat kegiatan usaha atau pekerjaan bebas Wajib Pajak, dan/atau tempat lain yang dianggap perlu oleh Pemeriksa Pajak.

Sementara Pemeriksaan Kantor adalah Pemeriksaan yang dilakukan di kantor DJP. Sesuai namanya, seharusnya hanya pemeriksaan kantor yang dilakukan di kantor DJP. Tetapi prakteknya, dari definisi tadi pemeriksa pajak “mengartikan” tempat lain sebagai kantor DJP. Sehingga (praktenya) sebagian besar pemeriksaan lapangan tetap dilakukan di kantor pajak.

Syarat Pemeriksaan Pajak di Kantor

Peraturan Menteri Keuangan Nomor 17/PMK.03/2013 menentukan (sebagian) pemeriksaan kantor. Pasal 5 ayat (2) mengharuskan bahwa pemeriksaan restitusi (Pasal 17B) dilakukan dengan jenis pemeriksaan kantor dengan syarat:

Pertama, laporan keuangan Wajib Pajak untuk Tahun Pajak yang diperiksa diaudit oleh akuntan publik atau laporan keuangan salah satu Tahun Pajak dari 2 (dua) Tahun Pajak sebelum Tahun Pajak yang diperiksa telah diaudit oleh akuntan publik, dengan pendapat wajar tanpa pengecualian; dan

Kedua, Wajib Pajak tidak sedang dilakukan Pemeriksaan Bukti Permulaan, penyidikan, atau penuntutan tindak pidana perpajakan, dan/atau Wajib Pajak dalam 5 (lima) tahun terakhir tidak pernah dipidana karena melakukan tindak pidana di bidang perpajakan.

Berdasarkan persyarat diatas, jika tahun pajak 2011 diaudit oleh akuntan publik maka DJP akan melakukan pemeriksaan dengan jenis pemeriksaan kantor jika tahun 2013 ini Wajib Pajak memohon restitusi. Baik restitusi PPh Badan, maupun restitusi PPN.

Apa untungnya dengan pemeriksaan kantor? Ada kebijakan baru mulai 2013 bahwa pemeriksaan restitusi pajak dilakukan dengan satu jenis pajak saja (yaitu jenis pajak yang memohon restitusi saja) dan “disederhanakan” jika pemeriksa tidak mendapatkan risiko audit tinggi.